που θα διοικούσαν και των δικαστών, καθώς επίσης και η ψήφιση των νόμων, γινόταν από τις συνελεύσεις των πολιτών. Δικαίωμα όμως συμμετοχής είχαν μόνο οι Αθηναίοι πολίτες και όχι οι ξένοι που είχαν εγκατασταθεί στην πόλη της Αθήνας, αδιάφορα αν ήταν πλούσιοι ή φτωχοί. Δικαίωμα ψήφου δεν είχαν και οι δούλοι που υπήρχαν στην πόλη της Αθήνας. Το καλύτερο παράδειγμα άμεσης δημοκρατίας το έχουμε στην Αθήνα τον 5ο αι. π.Χ., την εποχή δηλαδή του χρυσού αιώνα της Αθήνας.
Τα σημαντικότερα πολιτικά όργανα στο αθηναϊκό πολίτευμα του Κλεισθένη ήταν η Βουλή των Πεντακοσίων και η Εκκλησία του Δήμου. Η Βουλή των Πεντακοσίων σχηματιζόταν για θητεία ενός έτους. Καθεμία από τις δέκα φυλές αντιπροσωπευόταν από 50 βουλευτές. Κάθε δήμος της φυλής αντιπροσωπευόταν από ορισμένο αριθμό μελών. Οι βουλευτές ορίζονταν με κλήρωση. Αρμοδιότητα της βουλής ήταν ο έλεγχος της διοίκησης και της συμπεριφοράς των αρχόντων και η εποπτεία της οικονομικής διαχείρισης. Η βουλή επίσης ήταν υπεύθυνη για θέματα εξωτερικής πολιτικής, ασφάλειας και άμυνας. Ωστόσο, η βουλή δεν είχε αρμοδιότητα να κηρύττει πόλεμο ή να συνάπτει ειρήνη. Η απόφαση για τόσο σημαντικά ζητήματα μπορούσε να ληφθεί μόνο από την Εκκλησία του Δήμου. Κανένα θέμα όμως δεν ήταν δυνατό να συζητηθεί από την Εκκλησία του Δήμου, αν δεν είχε προηγουμένως προετοιμαστεί και εγκριθεί από τη Βουλή των Πεντακοσίων.
Η φροντίδα των Αθηναίων να ενισχύσουν και να διατηρήσουν το δημοκρατικό πολίτευμα ήταν σημαντική. Ως μέτρα εναντίον των επίδοξων τυράννων καθιερώθηκαν το σύστημα του οστρακισμού και η γραφή παρανόμων. Οι βουλευτές έδιναν όρκο να καταγγέλουν οποιονδήποτε θα υπονόμευε τη δημοκρατία ή θα βοηθούσε μια απόπειρα για εγκατάσταση τυραννίας στην πόλη τους.
Ο οστρακισμός ήταν η δεκάχρονη απομάκρυνση από την Αθήνα των πολιτών που θεωρούνταν επικίνδυνοι για την ανατροπή του δημοκρατικού πολιτεύματος. Στην εισαγωγή του μέτρου αυτού εναντίον των επίδοξων τυράννων συνέτεινε ο φόβος των Αθηναίων για την εγκαθίδρυση τυραννίδας και για το λόγο αυτό αρκετές φορές εξορίστηκαν πολίτες που είχαν αποκτήσει μεγάλη δημοτικότητα και πολιτική δύναμη, τις οποίες θεωρήθηκε ότι θα τις χρησιμοποιούσαν κατά των συμφερόντων του δήμου. Σύμφωνα με τον Αριστοτέλη (Aθηναίων πολιτεία 22.4) ο νόμος καθιερώθηκε από τον Κλεισθένη το 508/7 π.Χ.
Η Εκκλησία του δήμου στην έκτη πρυτανεία συζητούσε, εάν έπρεπε το χρόνο εκείνο, να εφαρμοσθεί ή όχι οστρακισμός. Στην περίπτωση που ψήφιζε υπέρ, τότε στην όγδοη πρυτανεία κάθε πολίτης έγραφε σε ένα όστρακο, δηλαδή σε ένα θραύσμα αγγείου, το όνομα του Αθηναίου που ήθελε να τιμωρηθεί. Για να εφαρμοστεί ο οστρακισμός σύμφωνα με ορισμένους μελετητές έπρεπε η Εκκλησία να συγκεντρώσει έξι χιλιάδες πολίτες, οπότε εξοριζόταν εκείνος το όνομα του οποίου ήταν γραμμένο στα περισσότερα όστρακα ή σύμφωνα με άλλους έπρεπε να μαζευτούν έξι χιλιάδες όστρακα που θα καταδίκαζαν τον ίδιο Αθηναίο.
Ο πολίτης που καταδικαζόταν σε οστρακισμό έπρεπε να εγκαταλείψει την Αθήνα σε δέκα ημέρες και να παραμείνει εξόριστος για δέκα χρόνια. Μετά, μπορούσε να επιστρέψει στην Αθήνα. Στο διάστημα της εξορίας του δεν έχανε ούτε την ιδιότητα του πολίτη ούτε την περιουσία του. Από τους γνωστότερους Αθηναίους που εξορίστηκαν με τον τρόπο αυτό ήταν ο Αριστείδης (482 π.Χ.), ο Θεμιστοκλής (472/471 π.Χ.), ο Κίμων (462/461 π.Χ.) και ο Θουκυδίδης (443/442 π.Χ.).
Η γραφή παρανόμων ήταν η αγωγή για παράβαση του νόμου, η καταγγελία δηλαδή ενός πολίτη που είχε προτείνει ένα ψήφισμα αντίθετο με την υπάρχουσα νομοθεσία. Δεν είναι γνωστό πότε καθιερώθηκε αυτή η διαδικασία, αλλά σύμφωνα με ορισμένους μελετητές η μέθοδος αυτή αντικατέστησε τον οστρακισμό, που από το 417/16 π.Χ. χρονιά που έχουμε τον τελευταίο καταγεγραμμένο οστρακισμό, όπως μπορεί να δει κανείς στο πρόγραμμα εικονικής πραγματικότητας "Περιήγηση στην Αρχαία Αγορά" στο «Θόλο» του «Ελληνικού Κόσμου». Ο κατηγορούμενος δικαζόταν -άσχετα με το εάν η πρόταση που είχε προτείνει είχε ψηφισθεί ή όχι- κι εφόσον καταδικαζόταν, πλήρωνε βαρύ πρόστιμο. Κατά τον 4ο αιώνα π.Χ., εάν είχε παρέλθει ένας χρόνος από την ψήφιση του νόμου, τότε ο εισηγητής δεν τιμωρούνταν, όμως ο νόμος έπαυε να ισχύει.
Με τον τρόπο αυτό οι δίκες έγιναν σταθερός παράγοντας της πολιτικής ζωής και αποτέλεσαν το καλύτερο μέσο, για να απαλλαχθεί κάποιος από έναν αντίπαλο, ή για να προωθήσει μια πολιτική θέση. Η πιο γνωστή περίπτωση γραφής παρανόμων ήταν η καταγγελία του Κτησιφώντα από τον Αισχίνη για την πρότασή του να τιμηθεί με στεφανηφορία ο Δημοσθένης. Για την υπόθεση αυτή ο Αισχίνης και ο Δημοσθένης έγραψαν τους λόγους Κατά Kτησιφώντα και Περί στεφάνου, τους οποίους εκφώνησαν αντίστοιχα οι δύο ρήτορες στο δικαστήριο.